含鹽廢水中含有大量Ca2+、Na+和CI-等離子，會抑制水中微生物的成長，且鹽度越高，其影響就越大，微生物就越難生長;因此增加了生物技術對其處理的難度。

(1)耐鹽細菌法

一般的微生物處理方法具有局限性，只能處理總含鹽量小于等于百分之三的廢水，對于含鹽量大于百分之三的廢水處理較困難。因此對于含鹽量大于百分之三的廢水需要嗜鹽細菌這一特殊的微生物進行處理;嗜鹽細菌和一般的微生物具有同樣的代謝功能，并且其生存的條件之一就是需要有一定的鹽度。

(2)厭氧生物處理

厭氧生物處理指的是：“在無氧環境下，使用專性厭氧菌和兼性厭氧菌對含鹽廢水中的有機物質進行消解或降解。

(3)生物接觸氧化法

生物接觸氧化法也叫淹沒式生物濾池，主要方法就是：“通過機械裝置在水體中填充氧氣，并在池內填充惰性填料，之后將充氧曝氣的污水淹沒，并使其流經全部填料，然后通過固定在填料上的微生物新生代謝作用祛除污染物。”

(4)傳統活性污泥法

活性污泥法常用于處理工業廢水和城市污水，活性污泥是一種吸附性、沉降性和分解能力強的絮狀顆粒，其主要由膠體物質、微生物和懸浮物質組合而成。傳統活性污泥法處理流程有五個環節：曝氣池-二沉池-曝氣系統-污泥回流污泥排放。

(5)SBR工藝

SBR工藝(間歇式活性污泥)也叫序批式活性污泥法，中小型企業多采用此種方法處理含鹽廢水。其主要特點為：“空間上完全混合、結構形式簡單、運行方式靈活多變和間歇操。”其運行周期共有五個階段：進水-反應-沉淀排水-閑置；其間歇操作的特點使得操作靈活方便，能有效防止污泥膨脹。

生物處理污水可分為兩類：其一是好氧生物處理，在處理過程中需要有氧供應，主要有厭氧生物處理、生物接觸氧化和傳統活性污泥法三種方法;其二是厭氧生物處理，主要是耐鹽細菌法和SBR工藝。生物處理技術具有適應性強和應用范圍廣特點，是含鹽廢水處理常用的方法之一。